Ca commence avec

$ pear channel-discover pear.pdepend.org 
$ pear channel-discover pear.phpmd.org 
$ pear install --alldeps phpmd/PHP_PMD-alpha

Puis une lecture du post de Manuel Pichler

PHPMessDetector est une application frontend, customisable et pratique pour Php_Depend. Un outil d'analyse de code qui permet de cartographier les dépendances entre les différents packages de classes composant une application. présenté ici